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trunkとbranchなどSubversionの2つのリポジトリをWinMergeで比較する場合、.svnディレクトリの差分も表示されてしまう。
このような場合は、フィルタにExclude　Source　Controlを指定しよう。

.svnディレクトリや拡張子が.svn-baseのファイル除いて、差分を取ってくれます。

ちなみに、私は、LinuxでWebアプリケーション開発を行っており、ソースはtrac(Subversion)で管理している。
trunkとbranchのソースをマージする際は、WinMergeの恩恵を預かるため、敢えてWindows上で行っている。